Miyaka es una joven normal y corriente cuya familia vive y trabaja en un templo sintoísta. Su madre quiere que se convierta en itsukihime, una sacerdotisa de rango especial, como es tradición familiar, aunque ella no esté muy convencida del todo. Un día, mientras está limpiando la entrada del templo, se acerca a ella un chico desconocido que lleva la ropa de su instituto y lo que parece ser una espada. Tras descubrir que ella es la próxima itsukihime, el muchacho rompe a llorar emocionado. Miyaka pronto descubrirá que ese chico ha llegado hasta allí después de un viaje de más de 170 años…